MOLCUReBIO (Molecular Curation & Research and Bioactivity Repository for Multi-Disease Therapeutics) merupakan proyek kolaboratif antara Yayasan Integrasi Biologi & Sinergi (IBIOS Foundation), Program Studi (Prodi) S-1 Biologi dan S-1 Pendidikan Biologi FMIPA Universitas Negeri Surabaya (UNESA), dan Bioinformatics Research Center – Indonesian Institute of Bioinformatics and Biomolecular (BRC-INBIO). Program ini lahir dari semangat integrasi ilmu biologi molekuler, biokurasi, dan bioinformatika untuk menjembatani data molekul dengan konteks biologis dan terapeutik lintas penyakit.
Curating Molecules, Connecting Life
Tagline resmi proyek ini adalah Curating Molecules, Connecting Life, yang mencerminkan misi utama MOLCUReBIO, yaitu mengubah data menjadi pemahaman, dan pemahaman menjadi kehidupan.
Logo MOLCUReBIO terdiri dari tiga elemen utama yang memuat makna filosofis mendalam, yaitu:
- Heliks Ganda (double helix) melambangkan precision and depth of molecular knowledge: kedalaman pengetahuan ilmiah sebagai fondasi riset bioaktivitas,
- Daun Hijau di Tengah DNA menandakan living data: setiap data molekuler adalah representasi kehidupan dan regenerasi biologis, dan
- Struktur Silindris Biru (database stack) menggambarkan lapisan-lapisan pengetahuan yang terkurasi secara sistematis: dari senyawa kimia berukuran kecil (small molecule), bioaktivitas, hingga koneksi lintas penyakit.
Di sisi lain, perpaduan warna biru dan hijau melambangkan harmoni antara scientific rigor dan life vitality atau sains yang akurat dan kehidupan yang menjadi pusat orientasinya. MOLCUReBIO lahir dari filosofi Hadza min Fadhli Robby (Hamfaro) yang senantiasa diusung oleh IBIOS, yaitu: “segala kebaikan yang ada pada diri setiap individu manusia berasal dari karunia Allah SWT. Dan oleh karenanya, kebaikan semacam ini juga harus didistribusikan kepada masyarakat yang lebih luas. Dalam konteks ini, IBIOS berkomitmen untuk mendistribusikan nilai-nilai kebiologian yang selama ini dipelajari oleh setiap person di balik IBIOS kepada masyarakat Indonesia, dan bahkan masyarakat global. Secara lebih spesifik, filosofi ini juga menegaskan bahwa setiap penemuan molekuler adalah bagian dari perjalanan memahami ciptaan Tuhan untuk kemaslahatan manusia.
Latar Belakang dan Tujuan MOLCUReBIO
MOLCUReBIO merupakan proyek kolaboratif antara IBIOS dengan Rumpun Biologi FMIPA UNESA yang terjalin melalui skema Magang Riset Dosen sebagai salah satu bagian dari skema utama, yaitu Mobilitas Akademik Mahasiswa. Adapun tujuan utama dari program ini, diantaranya: (1) Memfasilitasi mahasiswa dalam karakterisasi in silico senyawa bioaktif pada berbagai kategori terapeutik: hipoglikemik, geroprotektif, anti-rematik, STAT3 inhibitor, antibakteri, dan antikanker, (2) Memberikan pengalaman riset lintas prodi dan lintas institusi kepada mahasiswa dengan melibatkan pembimbing internal dan eksternal, dan (3) Menghasilkan beberapa luaran ilmiah berupa jurnal penelitian, database bioaktif, serta e-book ensiklopedi senyawa kimia bioaktif di setiap kategori terapeutik yang menjadi topik penelitian mahasiswa dalam skema ini. Versi awal MOLCUReBIO (v.1.0) menggunakan data global dari database ChEBI (Degtyarenko et al., 2008 & 2009; de Matos et al., 2010; Hastings et al., 2013 & 2016), ChEMBL (Davies et al., 2015; Zdrazil et al., 2024) dan EMNPD (Xu et al., 2023), sebagai starting point untuk basis pengembangan repositori bioaktif masa depan yang akan menekankan pada potensi biodiversitas Indonesia.
Calon Peneliti Muda Indonesia
Hingga saat ini, enam mahasiswa dari dua program studi S-1 (Pendidikan Biologi dan Biologi) FMIPA UNESA telah menjadi pionir dalam fase pertama MOLCUReBIO, yaitu:
| No | Nama Mahasiswa | Program Studi | Topik Penelitian | Tim Pembimbing | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | Arsyil Adhimi Ash Shidiqi (PBIO2023E) | S-1 Pendidikan Biologi | In silico characterization of hypoglycemic compounds | Dr. Adi Maladona, S.Pd., M.Pd. (Prodi S-1 Pendidikan Biologi, FMIPA, UNESA) & Mochammad Ichsan, S.Si., M.Pd., M.Eng. (IBIOS) |
| 2 |  | Warda Najwa Diana (PBIO2023E) | S-1 Pendidikan Biologi | In silico profiling of geroprotective compounds | Dr. Adi Maladona, S.Pd., M.Pd. (Prodi S-1 Pendidikan Biologi, FMIPA, UNESA) & Mochammad Ichsan, S.Si., M.Pd., M.Eng. (IBIOS) |
| 3 |  | Ines Dwi Febriyanti (PBIO2023B) | S-1 Pendidikan Biologi | In silico profiling of anti-rheumatic compounds | Dr. Honesty Nurizza Pinanti, S.Si., M.Si. (Prodi S-1 Biologi, FMIPA, UNESA) & Mochammad Ichsan, S.Si., M.Pd., M.Eng. (IBIOS) |
| 4 |  | Washil Insan Karim (PBIO2023G) | S-1 Pendidikan Biologi | In silico profiling of STAT3 inhibitors | Dr. Honesty Nurizza Pinanti, S.Si., M.Si. (Prodi S-1 Biologi, FMIPA, UNESA) & Mochammad Ichsan, S.Si., M.Pd., M.Eng. (IBIOS) |
| 5 |  | Ainara Setyo Adjie (BIO2023B) | S-1 Biologi | In silico profiling of antibacterial compounds | Lisa Lisdiana, S.Si., M.Si., Ph.D. (Prodi S-1 Biologi, FMIPA, UNESA) & Mochammad Ichsan, S.Si., M.Pd., M.Eng. (IBIOS) |
| 6 |  | Faroh Nailal Amani (BIO2023F) | S-1 Biologi | In silico profiling of endophyte-derived anticancer compounds | Lisa Lisdiana, S.Si., M.Si., Ph.D. (Prodi S-1 Biologi, FMIPA, UNESA) & Mochammad Ichsan, S.Si., M.Pd., M.Eng. (IBIOS) |
Mahasiswa-mahasiswa ini berperan aktif dalam proses kurasi, anotasi, dan integrasi data molekuler menggunakan perangkat bioinformatics dan cheminformatics modern, sekaligus menjadi cikal bakal generasi peneliti molecular data-driven Indonesia.
Dosen Pembina
Dalam pelaksanaan proyek MOLCUReBIO, peran dosen pembimbing lapangan dari FMIPA Universitas Negeri Surabaya (UNESA) menjadi fondasi utama dalam mendampingi mahasiswa selama proses riset. Dosen pembimbing tersebut terdiri atas Dr. Adi Maladona, S.Pd., M.Pd. dari Program Studi S-1 Pendidikan Biologi, Dr. Honesty Nurizza Pinanti, S.Si., M.Si. dari Program Studi S-1 Biologi, serta Lisa Lisdiana, S.Si., M.Si., Ph.D. dari Program Studi S-1 Biologi. Ketiganya berperan aktif dalam memastikan bahwa mahasiswa peserta mampu memahami prinsip-prinsip dasar biokurasi, melakukan analisis in silico dengan pendekatan bioinformatika yang tepat, serta mengintegrasikan hasil riset mereka ke dalam konteks ilmiah yang lebih luas.
Selain pembimbing utama dari FMIPA UNESA, proyek ini juga melibatkan dua pembimbing mitra eksternal FMIPA UNESA yang memperkuat dimensi kolaboratif MOLCUReBIO. Mochammad Ichsan, S.Si., M.Pd., M.Eng. dari Yayasan Integrasi Biologi & Sinergi (IBIOS Foundation) berperan dalam bidang biocuration of bioactive compounds dan integration of transcriptomic signatures, yakni proses kurasi dan integrasi data molekuler dengan ekspresi gen untuk mengidentifikasi keterkaitan antara struktur molekul dan bioaktivitas spesifik. Sementara itu, Dr. Wirdatun Nafisah, S.Si., M.Si. dari Bioinformatics Research Center – Indonesian Institute of Bioinformatics and Biomolecular (BRC-INBIO) berfokus pada aspek computational polypharmacology, meliputi target fishing, ligand-receptor modeling, dan molecular network construction guna memahami interaksi multi-target dan efek sistemik senyawa bioaktif dalam konteks biologi molekuler yang kompleks.
Kolaborasi tiga institusi ini menjadikan MOLCUReBIO sebagai wadah riset interdisipliner yang unik, menyatukan bidang biocuration, computational pharmacology, dan molecular systems biology dalam satu ekosistem data ilmiah yang terintegrasi dan berorientasi pada multi-disease therapeutics.
Dari sisi luaran, proyek MOLCUReBIO menargetkan beberapa capaian penting. Pertama, publikasi ilmiah berbasis karakterisasi in silico senyawa bioaktif yang menjadi bukti kontribusi akademik mahasiswa FMIPA UNESA di bidang molecular sciences. Kedua, pengembangan database bioaktif online sebagai prototipe knowledge-based system yang berfungsi sebagai repositori dinamis untuk riset bioaktivitas lintas penyakit. Ketiga, penyusunan media pembelajaran yang akan berfungsi guna membantu kelangsungan proses pembelajaran dan sekaligus menjadi referensi ilmiah terintegrasi bagi mahasiswa dan peneliti. Keempat, penguatan rekam jejak penelitian mahasiswa FMIPA UNESA dalam bidang bioinformatics dan data curation yang diharapkan mampu memperluas jejaring riset mereka ke tingkat nasional dan internasional.
Ke depan, versi lanjutan proyek ini, yaitu MOLCUReBIO v.2.0, akan diarahkan untuk mengembangkan basis data yang berakar pada biodiversitas Indonesia, dengan fokus pada senyawa alami dari flora Nusantara. Langkah ini menjadi kontribusi nyata terhadap pengembangan riset drug discovery berbasis sumber daya hayati lokal, sekaligus membuka peluang besar bagi penguatan riset nasional yang berorientasi global.
Pada akhirnya, MOLCUReBIO bukan sekadar sebuah proyek riset, melainkan sebuah ekosistem kurasi ilmiah (ecosystem of scientific curation) yang menghubungkan data, makna, dan kehidupan. Melalui kerja sama lintas lembaga dan lintas generasi, proyek ini menjadi manifestasi nyata dari filosofi Yayasan Integrasi Biologi & Sinergi (IBIOS Foundation), yaitu Integrating Biology and Synergy, dengan semangat Hamfaro in Action: setiap langkah dalam sains adalah bagian dari perjalanan memahami karunia Allah SWT untuk kemaslahatan manusia.
Daftar Referensi
- Degtyarenko, K., de Matos, P., Ennis, M., Hastings, J., Zbinden, M., McNaught, A., Alcántara, R., Darsow, M., Guedj, M., & Ashburner, M. (2008). ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic acids research, 36(Database issue), D344–D350. https://doi.org/10.1093/nar/gkm791
- Degtyarenko, K., Hastings, J., de Matos, P., & Ennis, M. (2009). ChEBI: an open bioinformatics and cheminformatics resource. Current protocols in bioinformatics, Chapter 14, 14.9.1–14.9.20. https://doi.org/10.1002/0471250953.bi1409s26
- de Matos, P., Alcántara, R., Dekker, A., Ennis, M., Hastings, J., Haug, K., Spiteri, I., Turner, S., & Steinbeck, C. (2010). Chemical Entities of Biological Interest: an update. Nucleic acids research, 38(Database issue), D249–D254. https://doi.org/10.1093/nar/gkp886
- Hastings, J., de Matos, P., Dekker, A., Ennis, M., Harsha, B., Kale, N., Muthukrishnan, V., Owen, G., Turner, S., Williams, M., & Steinbeck, C. (2013). The ChEBI reference database and ontology for biologically relevant chemistry: enhancements for 2013. Nucleic acids research, 41(Database issue), D456–D463. https://doi.org/10.1093/nar/gks1146
- Hastings, J., Owen, G., Dekker, A., Ennis, M., Kale, N., Muthukrishnan, V., Turner, S., Swainston, N., Mendes, P., & Steinbeck, C. (2016). ChEBI in 2016: Improved services and an expanding collection of metabolites. Nucleic acids research, 44(D1), D1214–D1219. https://doi.org/10.1093/nar/gkv1031
- Davies, M., Nowotka, M., Papadatos, G., Dedman, N., Gaulton, A., Atkinson, F., Bellis, L., & Overington, J. P. (2015). ChEMBL web services: streamlining access to drug discovery data and utilities. Nucleic acids research, 43(W1), W612–W620. https://doi.org/10.1093/nar/gkv352
- Zdrazil, B., Felix, E., Hunter, F., Manners, E. J., Blackshaw, J., Corbett, S., de Veij, M., Ioannidis, H., Lopez, D. M., Mosquera, J. F., Magarinos, M. P., Bosc, N., Arcila, R., Kizilören, T., Gaulton, A., Bento, A. P., Adasme, M. F., Monecke, P., Landrum, G. A., & Leach, A. R. (2024). The ChEMBL Database in 2023: a drug discovery platform spanning multiple bioactivity data types and time periods. Nucleic acids research, 52(D1), D1180–D1192. https://doi.org/10.1093/nar/gkad1004
- Xu, H. Q., Xiao, H., Bu, J. H., Hong, Y. F., Liu, Y. H., Tao, Z. Y., Ding, S. F., Xia, Y. T., Wu, E., Yan, Z., Zhang, W., Chen, G. X., Zhu, F., & Tao, L. (2023). EMNPD: a comprehensive endophytic microorganism natural products database for prompt the discovery of new bioactive substances. Journal of cheminformatics, 15(1), 115. https://doi.org/10.1186/s13321-023-00779-9